لا يوجد علاج لاضطراب بطانة الرحم المهاجرة ولكن يمكن التخفيف من حدة أعراضه والسيطرة عليها
١.أدوية مسكنة للألم: يمكن أن يصف الطبيب المسكنات المتعارف عليها لتخفيف الالم الذي تعانين منه مثل الأيبوبروفين ولكنها ليست فعالة في كل الحالات. ٢.العلاج الهرموني: إن كان السبب وراء الإصابة اختلالًا في الهرمونات فإن العلاج الهرموني يعمل على اعادة التوازن للهرمونات داخل جسدك مما يساعد على تخفيف الألم و السيطرة على تقدم الحالة. أدوية تنظيم الحمل: تعمل أدوية تنظيم الحمل على منع حدوث الحمل عن طريق إيقاف النمو الشهري لأنسجة بطانة الرحم وهذا بدوره يقلل من تقدم مرحلة بطانة الرحم المهاجرة.
٣.استئصال الرحم: نادرًا ما يلجأ الطبيب المختص الى استئصال الرحم ويقدمه على أنه اخر حل في حالة عدم نجاح الطرق الاخرى وعلى انها لم تجدي نفعًا في تخفيف الألم.