هذه بعض المشكلات قد تُفشل الحقن المجهري
1) فشل زرع الجنين: أي فشل زراعة الأجنة بالرحم لعدة أسباب إما لغياب التغذية الدموية المناسبة في الرحم أو بسبب وجود تشوهات وراثية أو تكسر الحمض النووي بالحيوانات المنوية أو بسبب وجود الأجسام المضادة والمناعية التي تجعل الجسم يلفظ الأجنة باعتبارها أجسام غريبة. 2) ضعف الجنين: قد يعتري الجنين ضعف ما يمنعه من الالتصاق ببطانة الرحم ويرجع هذا لأحد هذه الأسباب : رقة بطانة الرحم حيث يكون سمك بطانة الرحم أقل من 9مم ، وجود أورام ليفية أو أورام حميدة بالرحم تمنع النمو الطبيعي للجنين ، وجود خلل جيني في كروموسومات الأجنة نظرا لوجود خلل جيني في البويضة أو الحيوان المنوي الذي خصبها أو حدوث خلل في عملية الانقسام أثناء تكوين الجنين وهذا الخلل يشكل خطورة على حياة الجنين وقد يصيبه بأمراض وراثية أو تشوهات قد تلازمه طوال حياته أو تسبب وفاته عقب ولادته ولتفادي هذا الأمر ينبغي على الزوجة تناول العقاقير والأدوية التي تساعد على تقوية بطانة الرحم لتكون مهيأة لاستقبال الجنين.
3) ضعف التبويض لدى المرأة: أحد أهم أسباب فشل الحقن المجهري هو ضعف التبويض أي عدم وجود بويضات كافية لإتمام عملية الحقن المجهري إما لقلة المخزون من البويضات في المبيضين أو لوجود خلل في برنامج تنشيط التبويض الذي تتبعه المرأة أو خلل يعتري هرمونات الإباضة نفسها كأن تكون غير منتظمة ولكن قد يتم علاج هذا العيب من خلال اعتماد العلاج على إبر تنشيطية للبويضات وتُعطى في مواعيد محددة وأي اضطراب في هذه المواعيد قد يُفسد البويضات وقد يرجع ضعف التبويض لتناول بعض الأدوية الهرمونية التي تسبب هذه المشكلة. 4) أمراض قد تصيب المرأة: قد تعاني الزوجة من بعض الأمراض المناعية التي تزيد من تخثر الدم فتسبب فشل الحقن المجهري لذا ينبغي اكتشاف هذا الأمر باكرا عبر الفحص الطبي من خلال متابعة التاريخ المرضي للزوجة وإعطاءها مضادات التخثر قبل وبعد عملية الحقن المجهري وعقارات الكورتيزون.
5) مشكلات فنية: من الأسباب التي قد تُفشل عملية الحقن المجهري غياب التقنيات الفنية والتجهيزات ذات الجودة العالية التي تساعد على إتمام نقل وزرع الأجنة وهذا يتطلب مهارة فائقة وخبرات واسعة لدى الطبيب الذي يقوم بإجراء العملية
. 6) عيوب بقنوات فالوب: بعض العيوب أو المشكلات التي تصيب قنوات فالوب قد تؤدي إلى إفراز مواد ضارة تؤثر على حياة الجنين ونشاطه ومن هذه العيوب وجود انسداد في الطرف الخارجي لإحدى القناتين أو كليهما.